輸出加工区での委託加工については、加工貿易主管部門に加工貿易企業としての登記をおこなう必要があります。その際に加工用設備の明細と、原材料の輸入明細、加工製品の輸出明細を明らかにして許可を得ます。
加工製品の輸出ごとに使用した原材料の明細と出荷製品の明細を税関に提出しチェックを受けます。また毎年年度当初に、原材料の使用と在庫、出荷製品の明細に付き主管部門と税関に報告書を提出しなければなりません。輸出加工区のメリットとしては、銀行保証金台帳制度からの除外と言う優遇政策を受けられることがあげられます。
加工企業に所要の設備がない場合、外部企業に二次加工を委託しければなりませんが、これを「転廠」といい（深加工結転ともいいます）、転廠届けを主管部門に出さなければなりません。外部工場が違う税関の管轄区域に所在する場合には課税処理が複雑になります。
保税区において加工企業が委託加工貿易をおこなう場合にもほぼ同様に関税増値税の課税がなく、銀行保証金台帳制度からも除外されているというメリットがあります。ただし中国国内からの仕入れ原材料へ課税された増値税は製品輸出時に還付されていません。これは保税区から中国国内への製品販売が可能とされていることと見合いになっています。輸出加工区では加工区へ原材料を搬入したときに輸出とみなされ還付申請可能です。
輸出加工区で完成した機械を日本へ輸入するときには通常、日本の消費税がかかります。
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